Quand une autre dynastie thébaine libéra l'Égypte d'un siècle humiliant de domination des Hyksos étrangers (environ 1664-1555 av. J.-C.), la place d'Amon au sommet du panthéon égyptien fut assurée. Comme le montrent ces quelques exemples, la prédominance de dieux individuels – ainsi que leur perception et leur représentation – était, à l'instar de la fortune des pharaons, façonnée par le flux de 3 000 ans d'histoire pharaonique.
Le pharaon devait continuellement défendre sa position de « fils des dieux » contre le sacerdoce, en particulier les puissants prêtres Amon de Thèbes. Cela a donné à la rédaction des cosmologies (les dieux et leurs familles), telles que l'Ennéade d'Héliopolis ou l'Ogdoade d'Hermopolis, et les cultes des divers dieux ayant une grande influence. De nombreux changements dans l'importance des dieux individuels, notamment le culte d'Aton du pharaon Akhenaton est considéré comme un résultat direct des luttes de pouvoir entre le pharaon et le sacerdoce.
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