
C'est alors la signature du traité de Meaux en 1229 qui organise le rattachement du Languedoc à la France et la lutte contre les hérétiques. Pourtant, le fracas des armes ne suffit pas à éradiquer la foi cathare, qui survit dans la clandestinité. En 1231, Rome crée le tribunal de l'Inquisition. Cette dernière fut confiée aux moines Dominicains. Les Cathares sont alors pourchassés dans tout le pays. L’Inquisition identifie et élimine peu à peu, à force d'interrogatoires et de tortures, de nombreux parfaits. Vers 1240, la résistance cathare, mêlant parfaits survivants et seigneurs dépossédés de leurs terres par les croisés, se circonscrit à quelques châteaux pyrénéens, dont le plus emblématique est celui de Montségur.
A Montségur, après un siège de dix mois, le 16 mars 1244, près de 224 Cathares furent brûlés. Refusant d'abandonner leur foi, les principaux dignitaires cathares se jettent dans un bûcher sous les yeux de l'archevêque de Narbonne. La dernière forteresse, celle de Quéribus, tomba en 1255. Mais l'inquisition se poursuivit jusqu'en 1321.
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