Malheureusement
Martinès se laissa entraîner par son zèle à négliger la véritable base de l'institution maçonnique. Tout entier à sa réforme des
chapitres Rose-Croix, il méconnut le rôle des
loges bleues. C'est alors un de ses disciples, le plus célèbre, bien qu'un des plus éloignés de l'œuvre du maître,
Louis Claude de Saint-Martin, qui alla plus loin dans cette voie, et, dès 1777, refuse de participer non seulement aux tenues des loges martinésistes où l'on ne pratiquait que les grades du porche ou maçonnerie symbolique, mais aussi, par exemple aux travaux des loges de Versailles pour des raisons spécieuses de pneumatologie, et de celles de Paris, parce qu'on y enseignait le magnétisme et
l'alchimie.