La Pierre philosophale devait également communiquer à son possesseur toutes sortes de
pouvoirs merveilleux : se rendre invisible, commander aux puissances célestes, se déplacer à son gré dans l’espace, etc. Mais ces
pouvoirs magiques sont surtout mentionnés à la fin du Moyen Age, de même que les autres problèmes qui, jusqu’à la Renaissance, sont venus se greffer sur celui de la Pierre :
- l’Alkaest
- l’Homunculus
L'Alkaest et les homonculus
L’alkaest était un supposé « dissolvant universel », capable de dissoudre tous les corps.
Les Homunculus étaient des hommes fabriqués artificiellement, des genres d’humanoïdes issus de
bébés-éprouvettes.