Juste après le départ de Martinès de Pasqually pour les Antilles en 1772, une scission se produisit dans l'ordre que Pasqually avait si péniblement formé. Certains disciples entraînés par l'exemple de Saint-Martin, abandonnaient la pratique active pour suivre la voie incomplète et passive du mysticisme. Ce changement de direction dans la vie de Saint Martin pourrait nous surprendre si nous ne savions pas combien, durant les cinq années qu'il passa à la loge de Bordeaux, le disciple avait eu d'éloignement pour les opérations extérieures du Maître.
Les résultats de la scission due à l'active propagande de Saint-Martin ne se firent pas attendre. Tout d'abord les loges du sud-ouest cessèrent leurs travaux. La propagande de Saint-Martin échoua bien près des loges de Paris et de Versailles, mais, lorsqu'en 1778, ces loges eurent vu leurs Frères de Lyon se tourner définitivement vers le rite templier allemand de la Stricte Observance, et le grand maître Willermoz prendre la succession du grand maître provincial Pierre d'Aumont, successeur de Jacques Molay, avec le titre de Grand-Maître provincial d'Auvergne, elles songèrent à fusionner avec les loges Philalèthes qui, depuis 1773, travaillaient d'après les données de Martinès et de Swedenborg, et dans les chapitres secrets desquels n'était admis aucun officier du Grand-Orient.
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