Influencé par le luthérisme

En 1518 il revient en France et le voici conseiller municipal et avocat à Metz, ville libre d'Empire ; il se lie avec le fils d'un notaire de Metz, l'humaniste Claudius Cantiuncula, alors étudiant à Bâle, qui le tient informé du débat de Luther et de Jean Eck et lui envoie le Compendium d'Érasme et les thèses de Martin Luther. C’est alors qu’Agrippa sera très influencé par le luthérisme.

Agrippa est accusé de sorcellerie

Mais à Metz, comme à Dole, ses opinions l'amenèrent bientôt à entrer en querelle avec les moines. Il participe au débat sur le triple mariage de Sainte-Anne, exprimant son soutien passionné à la critique de Jacques Lefèvre d'Étaples sur la légende populaire qui lui a attribué trois maris et trois filles. Alors qu’il défend avec véhémence une femme de Woippy accusée de sorcellerie en avançant l'excuse de la sénilité, la sauvant du bûcher, il est dans l’obligation de fuir le Pays messin, lui-même accusé par trois moines conservateurs de sorcellerie pour avoir défendu une sorcière. Il se réfugie en Suisse. On retrouve sa trace à Genève en 1521, à Berne et à Fribourg en 1523 où il exerce comme Médecin de la ville jusqu’en 1524 et publie des calendriers astrologiques en 1523.